제2차 슈퍼로봇대전 알파 숨겨진 요소

5화
- 토우가 & 반즈
5화「목성제국」에서 토비아와 반즈가 전투.
- 라도라 ＆ 무사시 생존(슈퍼계만 가능)
젠거 루트
5화 「나의 손에 태양의 빛을 (전편)」에서 료마와 라도라가 전투.
쿠스하 루트
5화 「태고의 원령」에서 료마로 라도라를 격추.

10화
- 크로스본 건담 X2
젠거 루트 - 「하늘을 차는 건담」전반부에서, X2를 격추하지 않는다.
쿠스하 루트 - 입수 불가능.
아라드 루트 - 무조건 입수.
아이비스 루트 - 「소년들의 결의」전반부에서, X2를 격추하지 않는다.

13화
- 리히텔 ＆ 하이넬
아라드 루트
13화「리크레이머-」에서 하렉의 일기토를 받아들인 후, 격파.

14화
- 리히텔 ＆ 하이넬
아이비스 루트
14화「심해를 발하고」에서 하렉의 일기토를 받아들인 후, 격파.

18화
- 리히텔 ＆ 하이넬
젠거 루트
18화「은하를 여행한 배」에서 하렉의 일기토를 받아들인 후, 격파.

19화
- 타켈(젠거 루트만 가능)
19화 「사랑한 자는, 모든것을 잃고」에서, 강철지그만으로 타켈을 격파.
22화 「눈을 떠라 지그! 분노의 반격!!」에서 증원으로 등장. 이후 동료로
- 라도라 ＆ 무사시 생존(슈퍼계만 가능)
19화 「사랑한 자는, 이미 죽고」에서, 잔키와 료마가 전투.
- 리히텔 ＆ 하이넬
쿠스하 루트
19화「돌아올 장소」에서 하렉의 일기토를 받아들인 후, 격파.

23화
- 라도라 ＆ 무사시 생존
23화 「머신랜드, 부상」에서 료마로 라도라를 설득.

24화
- 라도라 ＆ 무사시 생존
24화 「제왕 고르, 필살의 맹반격」에서 드래곤, 라이거, 포세이돈으로 라도라와 전투.
라도라를 격추하지 않고 클리어.

26화
- 퀸시
네오 지온 루트일 경우. 26화「모략의 대지」에서 유우가 맵에 있는 상태로 퀸시 격파.

28화
- 리히텔 ＆ 하이넬
바이탈 넷 루트일 경우, 28화「우리의 권에 생명을 걸고」에서 카즈야, 효마, 켄이치로 리히텔과 전투.
네오 지온 루트일 경우, 28화「해저성! 대공격 개시!」에서 카즈야로 리히텔과 전투. 기메리아를 격추.
하만과 협정을 맺은 루트일 경우, 54화 「암흑의 지배자」에서 하이넬과 리히텔 사용가능.
하만과 결별한 루트일 경우, 54화「사악의 구세주」에서 하이넬과 리히텔 사용가능.
최종화에서도 다시 리히텔과 하이넬이 아군증원 기체는 리히텔은 기메리아. 하이넬은 수호신 고돌.

29화
- 퀸시
바이탈 넷 루트일 경우, 29화「분노의 일륜」에서 유우가 맵에 있는 상태로 퀸시 격파.

32화
- 윙건담 (얼리 타입)
32화 종료까지 윙 팀의 평균 레벨 34이상. (레벨 합계 170)
- 토우가 & 반즈
32화「망집의 요화」에서 토비아와 기리가 전투, 토비아, 기리, 반즈를 살려둔다.

33화
- 풀아머 ZZ
33화「소년이 향한 미래」에서, 토비아로 테테니스가 타고 있는 에레고니아를 격추.
43화「슈퍼로봇 군단, 분노의 반격!!」종료 후, 환장파츠 입수.

36화
- 하이 메가 캐논 풀파워
액시즈 루트시 36화 「혼, 중력이 이끌리고 (후편)」에서 쥬도의 ZZ와 하만이 전투, 둘다 생존 혹은 루트 무관 38화「별의 먼지, 다시」에서 쥬도의 ZZ와 샤아가 전투, 둘다 생존.

37화
- 건담 시작 2호기
젠거, 쿠스하, 아이비스 루트 - 37화까지 코우의 격추수가 80기 이상.
아라드 루트 - 37화에서 야잔을 격추
43화「슈퍼로봇 군단, 분노의 반격!!」종료 후, 입수.
하만과 결별한 루트일 경우 55화「싫은 기억과 함께」에서 환장파츠로 아토믹 바주카 입수.

38화
- Hi- ν건담
38화 「별의 먼지, 다시」에서, 리가지에 태운 아므로로 샤아와 전투. (MS모드로 변환 후 전투해야 함)
43화「슈퍼로봇 군단, 분노의 반격!!」 종료 후 입수.
- 나이팅게일(적으로만 등장)
38화 「별의 먼지, 다시」에서 사자비의 HP를 절반으로 줄인다.
- 드렐 & 벨가 다라스
38화 「별의 먼지, 다시」에서 킨케두나 베라로 드렐과 전투.
- 하이퍼 빔샤벨 & 웨이브 라이더 돌격
38화「별의 먼지, 다시」에서 샤아가 맵에 있는 상태에서 야잔과 전투, 둘다 생존.
- 하이 메가 캐논 풀파워
액시즈 루트시 36화 「혼, 중력이 이끌리고 (후편)」에서 쥬도의 ZZ와 하만이 전투, 둘다 생존 혹은 루트 무관 38화「별의 먼지, 다시」에서 쥬도의 ZZ와 샤아가 전투, 둘다 생존.

41화
- 코스트다운
보스를 보스의 오두막에 위치시키면 획득.

43화
- ν건담 HWS
43화 「슈퍼로봇 군단, 분노의 반격!!」까지 뉴건담 무기를 5단계 이상 개조하면 미션 종료 후 환장파츠 추가.

47화
- 스타 가오가이가
일본 루트일 경우, 47화「대동경 소멸 (후편)」에서 가이의 지형대응이 올 S의 상태로 가오가이가의 HP를 500 이하로.
미케네 루트일 경우, 47화 「격돌! 미케네 제국 (후편)」에서 가이의 지형대응이 올 S의 상태로 가오가이가의 HP를 500 이하로.
48화「결전으로의 초읽기」시작 전, 스텔스 가오 II 입수.

48화
- 도쿠가 3간부
48화「결전으로의 초읽기」에서 3명을 격추하지 않고 클리어 하면, 이벤트 후 증원. 최종화에서 다시 등장.

49화
- 하만
49화 「결단」에서 하만과의 협정을 받아들인다.
- 드렐 & 벨가 다라스
하만과의 협정을 맺으면 49화 「결단」후에 합류.

52화
- 토우가 & 반즈
하만과 협정을 맺은 루트일 경우, 52화 「결말은 인간의 손으로」에서, 반즈가 살아 있는 상태로 토비아와 기리가 전투 후, 반즈를 격추하지 않고 클리어. 미션 종료 후, 합류.
- 하만
하만이 생존한 상태에서 클리어. 미션 종료 후, 합류.